Собственно, под частичной советской оккупацией эти государства находились с осени 1939 года, когда Советский Союз, после оккупации Восточной Польши, включая Виленский коридор, вынудил три балтийских государства под угрозой применения силы заключить с ним договоры о взаимопомощи с обязательствами разместить на своей территории советские военные базы. В Латвии и Эстонии было размещено по 25 000 советских солдат, а в Литве — 20 000. В каждую республику было введено по одной стрелковой дивизии и по одной танковой бригаде. Численность советских войск в Латвии и Эстонии была больше за счет флотских контингентов, поскольку в этих странах были созданы военно-морские базы, тогда как в Литве они отсутствовали. По численности эти контингенты примерно равнялись армиям соответствующих государств. В качестве своеобразного вознаграждения Литве был передан Вильнюс с прилегающей территорией, но особой радости обретение Литовским государством своей древней столицы у литовских политиков не вызвало. Они понимали, как и их коллеги в Латвии и Эстонии, что дни независимости их стран сочтены. Текстов секретных протоколов к советско-германским договорам, отдававших эти государства в «зону» интересов СССР, тогда еще не знали, но мало кто сомневался, что Сталин считает страны Балтии своей добычей и не собирается ее упускать.
Однако с упразднением независимости балтийских государств Сталин не торопился. Сначала его отвлекла война с Финляндией, которая, вопреки ожиданиям, оказалась длительной и неуспешной для Красной Армии. Хотя Финляндию удалось принудить к миру и отнять у нее часть территории, финская армия не была разбита, а советские войска понесли чрезмерно большие потери, более чем в 7 раз превышавшие потери противника. Затем Сталин планировал ударить в спину Гитлеру, который собирался весной 1940 года начать генеральное наступление против Франции. Однако вермахт слишком быстро разгромил французскую армию, а британский экспедиционный корпус оттеснил к Дюнкерку. В этих условиях Сталин не рискнул напасть на Германию, опасаясь, что ему придется теперь встретиться с основными силами германской армии, а не с теми 10—12 дивизиями, которые Гитлер оставил прикрывать границу с СССР во время Французской кампании.
4 июня 1940 года группировки советских войск под видом учений начали выдвигаться к границам Литвы, Латвии и Эстонии. Не исключено, что еще некоторое время Сталин рассматривал возможность того, что, в случае, если Франция сможет еще какое-то время сопротивляться наступающим немцам, то часть этих войск двинется в Восточную Пруссию. Однако после того, как 10 июня Париж, который покинуло французское правительство, был объявлен «открытым городом», стало ясно, что до капитуляции Франции остались считанные дни. Сталин решил, что нужно захватывать Прибалтику без промедления. 14 июня, в день, когда германские войска вступили в Париж, Литве был предъявлен советский ультиматум. 16 июня такой же ультиматум был вручен правительствам Латвии и Эстонии. Москва требовала разрешить ей ввести на территорию трех государств Балтии значительные по численности советские воинские контингенты, по 9—12 дивизий. От Вильнюса, Риги и Таллинна также потребовали сформировать новые просоветские правительства с непременным участием коммунистов, хотя ни в одном из этих государств численность находившихся под запретом компартий не превышала 200 человек. Предлогом же к ультиматумам послужили будто бы осуществленные против советских войск провокации. В частности, утверждалось, что литовская полиция якобы похитила двух советских танкистов, Шмовгонца и Носова. На самом деле, как информировало Москву советское посольство в Литве, «красноармеецтанкист Носов 24 апреля сбежал с поста с винтовкой. 18 мая сбежал красноармеец-танкист Шмавгонец. Надеясь на свой розыск, командование за содействием к нам пока не обращалось».
25 мая Молотов вызвал литовского посланника и заявил ему, что советскому правительству «достоверно известно, что исчезновение этих военнослужащих организуется некоторыми лицами, пользующимися покровительством органов Литовского правительства, которые спаивают красноармейцев, впутывают их в преступления и устраивают потом их побег, либо уничтожают их (то, что красноармейцы вполне успешно спаивались самостоятельно, и не только в Литве, а в пьяном виде порой совершали преступления, Вячеслав Михайлович говорить, естественно, не стал. — Б. С.). Советское правительство считает подобное поведение литовских органов провокационным в отношении СССР, чреватым тяжелыми последствиями. Советское правительство предлагает Литовскому правительству прекратить эти провокационные действия отдельных агентов известных органов Литовского правительства и принять немедленные меры к розыску исчезнувших советских военнослужащих и доставить их в расположение командования советских войск в Литве. Советское правительство надеется, что Литовское правительство пойдет навстречу его предложениям и не вынудит его к другим мероприятиям».
К тому времени исход боев во Франции еще не был до конца ясен, и Сталин не был уверен, придется ли Красной Армии вторгаться в Германию и Польшу, либо в ближайшее время надо будет в ускоренном порядке оккупировать Прибалтику. Поэтом ультиматум Литве и двум другим балтийским государствам пока не предъявлялся. А то, что именно литовской стороне первой предъявили обвинения в «провокациях», было неслучайно. В случае, если бы было решено сначала воевать с Германией, следовало получить разрешение на проход через территорию Литвы большой группировки советских войск для удара по Восточной Пруссии. А вот если бы советское нападение на Германию все-таки состоялось летом 1940 года, «советизацию» стран Балтии могли отложить на более поздний срок.
Но уже 27 мая будто бы похищенные красноармейцы вернулись в свою часть и заявили, что их сутки держали в подвале, пытаясь получить сведения о советской танковой бригаде. При этом Носов почему-то превратился в Писарева. В тот же день в Каунас прибыл заместитель наркома обороны СССР командарм 2-го ранга Александр Локтионов, который в ходе протокольного визита к министру иностранных дел, как сообщало советское посольство, «в общих чертах познакомил Урбшиса с обстоятельствами возвращения красноармейцев Шмавгонца и Писарева и прямо заметил, что он удивлен, что такие вещи могут случаться в государстве, которое связано с Советским союзом традиционной дружбой и договором о взаимопомощи. Урбшис растерялся, стал оправдывать литовские власти и попросил для их разрешения допросить вернувшихся красноармейцев. Тов. Локтионов ответил, что не в его компетенции обсуждать вопрос по существу и давать просимое разрешение».
Допросить красноармейцев литовцам так и не дали, а уже 30 мая последовало заявление НКИД о том, что «имеющиеся в распоряжении НКИД данные показывают, что эти «исчезновения» были организованы некоторыми лицами, пользующимися покровительством органов Литовского правительства». Поэтому «Правительство СССР считает подобное поведение литовских органов провокационным в отношении Советского Союза и чреватым тяжелыми последствиями. Советское правительство потребовало от Правительства Литвы принятия немедленных мер к прекращению этих провокационных действий и к розыску исчезнувших советских военнослужащих. Советское правительство выразило надежду, что Литовское правительство пойдет навстречу его предложениям и не вынудит его к другим мероприятиям».
Аналогичные «провокации» чуть позже были вменены Латвии и Эстонии. 15 июня, накануне ультиматума, в районе 14-й советской погранзаставы отряд НКВД под командованием лейтенанта госбезопасности Комиссарова в два часа ночи перешёл границу с Латвией, разгромил и сжёг латышский пограничный кордон Масленки и, захватив пленных, вернулся на советскую территорию. На участке этой же заставы второй отряд НКВД под командованием политрука Бейко также перешёл границу, напал на латышский кордон Бланты и захватив пленных, вернулся на советскую территорию. Всего было убито 3 латышских пограничника и 2 гражданских лица. В плен попали 10 латышских пограничников и 27 гражданских лиц. Позднее всех их отпустили, кроме крестьянина Дмитрия Маслова, расстрелянного в 1942 году по обвинению в шпионаже. Эти нападения и были выданы за «провокации» с латышской стороны. При оккупации балтийских государств использовал все средства гибридной войны.
Сопротивляться советскому нападению в тот момент Литва, Латвия и Эстония не могли. Их главный союзник, Франция, была разгромлена и находилась на пороге капитуляции. Британский экспедиционный корпус поспешно эвакуировался с Европейского континента. Финляндия еще не оправилась от потерь в «зимней» войне. Германия же отказала в помощи странам Балтии еще осенью 1939 года. Только в Литве президент Антанас Сметана потребовал от правительства отвергнуть ультиматум и оказать вооруженное сопротивление, но, не получив поддержки большинства кабинета, бежал в Германию. Литва была единственной из стран Балтии, которая имела границу не только с СССР, но еще и с Германией. Сметона, конечно, понимал, что литовское вооруженное сопротивление обречено на поражение, но придавал ему важное символическое значение как доказательству готовности литовцев противостоять агрессии. Он не без оснований рассчитывал, что остатки литовской армии смогут укрыться в Германии. Однако большинство литовской элиты, как и элиты двух других стран Балтии, предпочитало капитулировать перед СССР, надеясь пусть на формальное сохранение независимости, пусть в качестве советского сателлита, вроде Монголии. Эти надежды пошли прахом. Президенты Эстонии и Латвии Константин Пятс и Карлис Ульманис после аннексии своих стран были арестованы. Ульманис умер в советской тюрьме в 1942 году, а Пятс — в психиатрической клинике в посёлке Бурашево в Калининской области в 1956 году.
В итоге советские ультиматумы были приняты. 15 июня советские войска вошли в Литву, а 17 июня — в Латвию и Эстонию. Дальше все пошло по единому сценарию — формирование просоветских правительств, выборы в местные парламенты под контролем НКВД, с возможностью голосовать только за один коммунистический блок, который во всех трех странах назывался одинаково — «Союз трудового народа», и с предсказуемым результатом. Затем последовала синхронная просьба этих новых парламентов о приеме их стран в СССР, которая, разумеется, тотчас была удовлетворена. Германия свою власть в протекторатах Богемия и Моравия, Дания и Норвегия и то аккуратнее насаждали. Разумеется, никакой воли народов Литвы, Латвии и Эстонии эти комедийные постановки не отражали, и при первой возможности в начале 90-х годов литовцы, латыши и эстонцы поспешили освободиться от советской оккупации, затянувшейся на полвека.
