Нарушение Кабмином, Минпромполитики, Минэкономики и Минфином требований действующего законодательства, неподобающее управление Минпромполитики государственным имуществом, сознательные действия руководства госпредприятия «Судостроительный завод им. 61 коммунара» относительно заключения убыточных контрактов на строительство судов для греческого заказчика привели к привлечению почти 98 млн. грн. средств Государственного бюджета Украины для финансирования из бюджетных средств обязательств субъекта хозяйственной деятельности. Такой вывод сделала коллегия Счетной палаты по результатам проверки использования средств государственного бюджета, выделенных на завершение строительства рефрижераторных судов.
Аудиторы Счетной палаты установили, что в 1997—2002 годах решение правительства о выделении бюджетных средств госпредприятию «Судостроительный завод им. 61 коммунара» принимались с нарушением требований бюджетного законодательства, в частности, Законов «О бюджетной системе Украины», «О предприятиях в Украине» и Бюджетного кодекса Украины. Включение в Государственный бюджет Украины в 2004— 2006 годах мероприятий по завершению строительства рефрижераторных судов с высокой степенью готовности также противоречило требованиям Бюджетного кодекса Украины.
Результаты проверки показали, что ГП «Судостроительный завод им. 61 коммунара» выделены в 1997—2005 годах из государственного бюджета, с нарушением действующего законодательства, бюджетные средства в сумме 97,9 млн. грн., а также предусмотрено Законом Украины «О Государственном бюджете Украины на 2006 год» еще 43,5 млн. гривен. Бюджетные средства направлялись на заводе на финансирование строительства транспортных рефрижераторных судов для иностранного заказчика — предпринимателя. При этом фактически за счет средств государственного бюджета покрывались убытки предприятия, которые возникли, в частности, и вследствие того, что часть контрактов на строительство судов в 1995—1997 гг. была заключена бывшим руководством по цене более низкой, чем себестоимость такого строительства.
Аудиторами также установлено, что финансирование ГП «Судостроительный завод им. 61 коммунара» в 2005 году осуществлялось только в третьей декаде декабря. Неравномерность финансирования работ по достройке рефрижераторного судна за счет бюджетных средств привела к неэффективному использованию средств государственного бюджета в 2004— 2005 годах в сумме 13,1 млн. грн., в том числе в 2005 году — 0,5 млн. гривен.
Из-за отсутствия должного контроля со стороны Минпромполитики за использованием средств госбюджета ГП «Судостроительный завод им. 61 коммунара» в 2004 году не по целевому назначению использовало 180,6 тыс. гривен. При организации закупок за государственные средства в 2004 году предприятием не было обеспечено должного соблюдения норм Закона «О закупке товаров, работ и услуг за государственные средства». Как следствие, с нарушением требований этого закона предприятием было заключено на 12 млн. гривен договоров, согласно которым оплачены бюджетные средства в сумме 10 млн. гривен.
Также установлено, что государством, кроме непосредственного направления бюджетных средств на достройку судов, в 2000—2005 годах фактически оказана путем льготного налогообложения финансовая помощь ГП «Судостроительный завод им. 61 коммунара» на 48,7 млн. гривен. Несмотря на это, положительные сдвиги в финансово-экономическом состоянии завода отсутствуют.