Сегодня высказываются опасения, что в условиях сложной религиозной ситуации в Украине отсутствие государственного контроля может привести к религиозным конфликтам и нарушению конституционно декларируемого равенства религиозных организаций. Это касается в первую очередь проявления конфессиональных предпочтений со стороны государственных чиновников на местном уровне, что приводит к нарушениям свободы совести. А поэтому отсутствие соответствующего государственного органа может привести к осложнениям отношений как между государством и церковью, так и межцерковных.
Отмена Государственного комитета по делам религий, с одной стороны, приведет к возникновению правовых коллизий, связанных с тем, что наличие государственного органа по делам религий предусматривается Законом Украины «О свободе совести и религиозных организациях», а с другой — может иметь негативные последствия для религиозной и даже социальной ситуации в Украине, что связано с наличием определенных противоречий между отдельными церквями и религиозными организациями, опасностью использования религиозного фактора политическими силами, а также реализации региональной, а не общегосударственной политики по религиозным вопросам.
Своей работой Государственный комитет по делам религий внес позитивный вклад в развитие деятельности религиозных организаций Украины. Госкомрелигий помогал в социальном служении церквей, оказывал содействие при растаможивании гуманитарной помощи, помогал в получении въездных виз для зарубежных гостей отечественных религиозных организаций и др. К сожалению, в прошлом в работе Государственного комитета по делам религий были и негативные моменты, связанные, в частности, с использованием авторитета церквей в интересах власти во время общественно-политических событий.
К компетенции органа, который мог бы заменить Госкомрелигий, было бы целесообразно отнести: содействие развитию отношений церкви и государства, налаживанию в необходимых случаях контакта между религиозными организациями и соответствующими государственными органами; мониторинг религиозной ситуации в Украине и деятельности религиозных организаций, разработку прогнозов относительно развития религиозных процессов в Украине; оказание консультативной помощи государственным органам законодательной и исполнительной власти, а также органам местного самоуправления в вопросах, связанных с деятельностью религиозных организаций; анализ применения законодательства в отношении свободы совести и деятельности религиозных организаций в Украине, а также связанных с этим нормативных актов по налогообложению религиозных организаций, землепользованию и тому подобное (в том числе в отношении равного применения соответствующих нормативных актов на всей территории Украины); разработку предложений по совершенствованию соответствующего законодательства; проведение в необходимых случаях религиеведческой экспертизы для решения вопросов в отношении возможности регистрации новейших для Украины религиозных организаций.
Учитывая заявления как Президента Украины, так и представителей правительственной команды об открытости новой власти, учета позиций общественных групп при принятии правительственных решений, остается надеяться, что позиция Церквей найдет свое отражение в государственных документах по государственно-церковным отношениям, в частности и государственного органа по вопросам религий.
