Сьогодні висловлюються побоювання, що в умовах складної релігійної ситуації в Україні відсутність державного контролю може призвести до релігійних конфліктів та порушення конституційно декларованої рівності релігійних організацій. Це стосується насамперед прояву конфесійних уподобань з боку державних чиновників на місцевому рівні, що призводить до порушень свободи совісті. А тому відсутність відповідного державного органу може призвести до ускладнень відносин як між державою і церквою, так і міжцерковних.
Скасування Державного комітету у справах релігій, з одного боку, призведе до виникнення правових колізій, пов'язаних iз тим, що наявність державного органу у справах релігій передбачається Законом України «Про свободу совісті та релігійні організації», а з іншого — може мати негативні наслідки для релігійної і навіть соціальної ситуації в Україні, що пов'язано з наявністю певних протиріч між окремими церквами та релігійними організаціями, небезпекою використання релігійного чинника політичними силами, а також реалізації регіональної, а не загальнодержавної політики щодо релігійних питань.
Своєю роботою Державний комітет у справах релігій зробив позитивний внесок в розвиток діяльності релігійних організацій України. Держкомрелігій допомагав у соціальному служінні церков, надавав сприяння при розмитненні гуманітарної допомоги, надавав допомогу в отриманні в'їзних віз для закордонних гостей вітчизняних релігійних організацій та ін. На жаль, у минулому в роботі Державного комітету у справах релігій були й негативні моменти, пов'язані, зокрема, з використанням авторитету церков в інтересах влади під час суспільно-політичних подій.
До компетенції органу, який міг би замінити Держкомрелігій, було б доцільно віднести: сприяння розвитку відносин церкви і держави, налагодженню в необхідних випадках контакту між релігійними організаціями і відповідними державними органами; моніторинг релігійної ситуації в Україні та діяльності релігійних організацій, розробку прогнозів щодо розвитку релігійних процесів в Україні; надання консультативної допомоги державним органам законодавчої та виконавчої влади, а також органам місцевого самоврядування у питаннях, пов'язаних із діяльністю релігійних організацій; аналіз застосування законодавства щодо свободи совісті та діяльності релігійних організацій в Україні, а також пов'язаних із цим нормативних актів щодо оподаткування релігійних організацій, землекористування тощо (в тому числі щодо рівного застосування відповідних нормативних актів на всій території України); розробку пропозицій щодо вдосконалення відповідного законодавства; проведення у необхідних випадках релігієзнавчої експертизи для вирішення питань щодо можливості реєстрації новітніх для України релігійних організацій.
Враховуючи заяви як Президента України, так і представників урядової команди про відкритість нової влади, врахування позицій суспільних груп при прийнятті урядових рішень, залишається сподіватися, що позиція церков знайде своє відображення в державних документах стосовно державно-церковних відносин, зокрема й державного органу з питань релігій.
