София Бодуэн де Куртенэ родилась во второй день нового 1887 года в городе Дерпте (сейчас г. Тарту, Эстония) в семье известного ученого языковеда-слависта, профессора Краковского и Дерптского университетов Яна (Ивана Александровича) Бодуэна де Куртенэ. В 1901 году «основоположник науки о фонеме в языкознании» вместе с семьей переезжает на работу в Петербургский университет. Начальное гуманитарное образование София получила у домашних учителей и в частной гимназии в Петербурге, а уроки по рисунку и живописи у художницы Анны Милковской. В 18 лет начинает учебу в Школе Общества поощрения искусства у популярного художника-импрессиониста Я. Ционглинского, «быть в мастерской... (которого) означало быть на грани всех современных знаний и понятий в искусстве, как за рубежом, так и у нас». Здесь знакомится с начинающими художницами, выходцами из польских аристократических семей — Софией Налепинской и Софией Сегно. И решают «молодые эмансипантки» вместе продолжить учебу в европейских художественных школах.
В 1906 году С. Бодуэн де Куртенэ вместе с подругами занимается в мастерской профессора Ш.Холлоши в Мюнхене, а с 1908 — в Академии Рансон в Париже. Здесь, в мастерской Поля Серюзье, происходит знакомство «трех Софий» с Михаилом Бойчуком, который вместе с Л. Крамаренко и А. Тараном оказался еще и соседом по меблированным комнатам в доме на ул. Кампань Премьер № 9, где поселились три молодых подруги.
Вместе с Е. Бачинским, Я. Леваковской, И. Пеленским и Г. Шрамм они создали кружок молодых, влюбленных в своего нового учителя, художников. Однако случилось так, что первая Школа М.Бойчука просуществовала в Париже недолго. Уже осенью 1910 года С.Бодуэн де Куртенэ возвращается в Петербург, где вместе с Е.Сагайдачным, становится активным участником выставок «Союза молодежи» и «Бубнового валета» в Москве. С тех пор сохранилась ее работа «Девушка и баран» (1910).
Не теряя, однако, контактов с Учителем, С. Бодуэн де Куртенэ вместе с С. Налепинской и Е. Сагайдачным приезжает во Львов, где принимают участие в восстановлении иконостасов и полихромии часовни св. Духа. Приобщив М. Касперовича, по приглашению Российского археологического общества, выезжают на реставрацию иконостаса церкви в с. Лемешах на Черниговщине. Годы Первой мировой войны провела в Петербурге, лечится от туберкулеза в санаториях Финляндии и готовится к персональной выставке, которая состоялась в Хельсинки в марте 1917 года.
В 1918 году София, вместе с отцом и сестрой, переезжает в Польшу, где начинает активно заниматься настенной полихромией культовых сооружений. В 1924 году в Салоне Гарлинского в Варшаве проходит групповая выставка, связанная со строительством костела в Стараховицах, проект здания которого представил архитектор Я.Боровский, а проекты внутреннего декора — С.Бодуэн де Куртенэ и Г.Шрамм.
В 1929 году в Познани прошла еще одна групповая выставка «Край и Познань», где София, вместе с Я.Леваковской и Г.Шрамм, представляла станковые произведения, написанные темперой. Произведения этого времени — «Гусляр и две девушки» (1918), «У колодца» и «Рыбный рынок» (1920-е гг.), которые сохраняются в Национальном Музее в Варшаве, выделяются бойчуковским монументализмом в сочетании с современной экспрессивной пластикой и элементами утонченного колорита старопольской готики.
На протяжении нескольких лет, в творческом сотрудничестве с Я.Боровским, художница занимается реставрацией памятников архитектуры, созданием фресковых росписей и алтарных образов, граффито, энкаустикой, проектированием витражных композиций и живописью на стекле. С.Бодуэн де Куртенэ восстановила или заново украсила 24 здания — «от Ярослава до западных земель». Среди них можно назвать фрески, мозаики и витражи в костелах в Вержбнике (1924), Беляве (1930), Радзейове (1934), св. Георгия в Сопоте, св. Елизаветы и св. Якова в Гданьске (1948), Добром (1954). А также росписи по стеклу в соборе Оливы (1947), в костелах св. Елизаветы и св. Якова в Гданьске (1948), в соборе св. Андрея в Ченстохове (1957) и другие.
Работая в основном в западных землях Польши, София Бодуэн де Куртенэ в своих произведениях использовала византийские традиции, соединенные с теоретически-художественными принципами ранней школы М.Бойчука. Ее оригинальные монументальные композиции, несмотря на определенное идейное и пластичное отличие от польской художественной культуры, выделяются сдержанностью форм в сочетании с насыщенным колоритом, декоративизм которого появился в творческой манере художницы в результате исследований давних фресок Помпеи, которым она посвятила искусствоведческие труды. Однако послевоенное творчество художницы, почти полностью игнорируемое в польской искусствоведческой литературе и прессе, оставалось за пределами официального направления искусства.
С ранней молодости С. Бодуэн де Куртенэ боролась с туберкулезом легких и только в восьмидесятилетнем возрасте дала победить себя смерти 28 марта 1967 года. Похоронена в семейном склепе в Варшаве на Повозках.