Софія Бодуен де Куртене народилась у другий день нового 1887 року в місті Дерпті (нині м. Тарту, Естонія) в родині відомого вченого мовознавця-славіста, професора Краківського та Дерптського університетів Яна (Івана Олександровича) Бодуена де Куртене. 1901 року «основоположник науки про фонему у мовознавстві» разом з родиною переїжджає на працю до Петербурзького університету. Початкову гуманітарну освіту Софія отримала у домашніх вчителів та приватній гімназії у Петербурзі, а уроки з рисунку і живопису — у художниці Ганни Мілковської. У 18 років розпочинає навчання у школі Товариства заохочення мистецтва у популярного художника-імпресіоніста Я. Ціонглінського, «бути в майстерні якого означало бути на межі усіх сучасних знань і понять в мистецтві як за кордоном, так і у нас». Тут знайомиться з художницями-початківцями, вихідцями з польських аристократичних родин — Софією Налепінською і Софією Сегно. Й вирішують «молоді емансипантки» разом продовжити навчання в європейських мистецьких школах.
У 1906 році С. Бодуен де Куртене разом із подругами займаються в майстерні професора Ш.Холлоші в Мюнхені, а з 1908-го — у Академії Рансон в Парижі. Тут, в майстерні Поля Серюз’є, відбувається знайомство «трьох Софій» з Михайлом Бойчуком, який, разом з Л. Крамаренком та А. Тараном, виявився ще й сусідом по мебльованих кімнатах у будинку на вул. Кампань Прем’єр №9, де оселилися три молоді подруги.
Разом з Є. Бачинським, Я. Леваковською, Й. Пеленським та Г. Шрамм вони створили гурток молодих, закоханих у свого нового вчителя мистців. Однак сталося так, що перша Школа М.Бойчука проіснувала в Парижі недовго. Вже восени 1910 року С. Бодуен де Куртене повертається до Петербурга, де разом з Є. Сагайдачним стає активним учасником виставок «Союза молодежи» та «Бубнового валета» у Москві. Відтоді збереглася її робота «Дівчина і баран» (1910).
Не втрачаючи однак контактів з Вчителем, С. Бодуен де Куртене разом з С. Налепінською та Є. Сагайдачним приїздять до Львова, де беруть участь у відновленні іконостасів та поліхромії каплиці св. Духа. Долучивши М. Касперовича, на запрошення Російського археологічного товариства, виїжджають на реставрацію іконостасу церкви у с. Лемешах на Чернігівщині. Роки Першої світової війни провела у Петербурзі, лікується від туберкульозу у санаторіях Фінляндії й готується до персональної виставки, яка відбулась у Гельсінкі в березні 1917 року.
У 1918 році Софія, разом з батьком та сестрою, переїжджає до Польщі, де починає активно займатися настінною поліхромією культових споруд. У 1924 році в Салоні Гарлінського у Варшаві відбувається групова виставка, пов’язана з будівництвом костелу в Стараховіцах, проект будівлі якого представив архітектор Я.Боровський, а проекти внутрішнього декору — С.Бодуен де Куртене та Г.Шрамм.
У 1929 році в Познані відбулася ще одна групова виставка «Край і Познань», де Софія, разом з Я.Леваковською та Г.Шрамм, представляла станкові твори, мальовані темперою. Твори цього часу — «Гусляр і дві дівчини» (1918), «Біля колодязя» та «Рибний ринок» (1920-ті рр.), що зберігаються в Національному музеї у Варшаві, вирізняються бойчуківським монументалізмом у поєднанні з сучасною експресивною пластикою та елементами витонченого колориту старопольської готики.
Упродовж років, у творчій співпраці з Я.Боровським, художниця займається реставрацією пам’яток архітектури, створенням фрескових розписів та вівтарних образів, граффіто, енкаустикою, проектуванням вітражних композицій та малюванням на склі. С.Бодуен де Куртене відновила чи заново прикрасила 24 будівлі — «від Ярослава аж по західні землі». Серед них можна назвати фрески, мозаїки та вітражі в костелах у Вержбнику (1924), Бєляві (1930), Радзєйові (1934), св. Георгія в Сопоті, св. Єлизавети та св. Якова в Ґданську (1948), Доброму (1954). А також розписи на склі в катедрі Оліви (1947), в костелах св. Єлизавети та св. Якова в Ґданську (1948), в катедрі св. Андрія в Ченстохові (1957) та інші.
Працюючи в основному на західних землях Польщі, Софія Бодуен де Куртене у своїх творах використовувала візантійські традиції, поєднані з теоретично-мистецькими засадами ранньої школи М. Бойчука. Її оригінальні монументальні композиції, попри певну ідейну та пластичну відмінність від польської художньої культури, вирізняються стриманістю форм у поєднанні з насиченим колоритом, декоративізм якого постав у творчій манері художниці внаслідок досліджень давніх фресок Помпеї, яким вона присвятила мистецтвознавчі праці. Однак повоєнна творчість художниці, майже цілковито ігнорована у польській мистецтвознавчій літературі та пресі, залишалась поза офіційним напрямком мистецтва.
З ранньої молодості С. Бодуен де Куртене боролася з туберкульозом легень і лише у вісімдесятирічному віці дозволила перемогти себе смерті 28 березня 1967 року. Похована в сімейному склепі у Варшаві на Повозках.
