Комісія розглядає кілька версiй аварії. Початковим було припущення обстрілу вертольота чеченськими бойовиками. Причиною падіння вважалося влучення у правий двигун машини снаряду з переносного зенiтно-ракетного комплексу чи крупнокаліберного кулемета. Двоє військових, що вижили після аварії, стверджують, що бачили, як по вертольоту вівся вогонь iз землі. Окрім того, пілоти вертольота Мі-8, що супроводжував Мі-26 під час перельоту з Моздока до Ханкали, заявляють про те, що бачили «слід ракети», що збила вертоліт. Інформаційний інтернет-сайт «Чеченпресс», що видається сепаратистами, також стверджує, що машина була збита бойовиками за допомогою ракети «Зеніт». Однак начальник УВС МВС Росії по Чечні полковник Саїд-Селім Пєшхоєв вважає цю версію малоймовірною, оскільки квадрат, де стався інцидент, ретельно охороняється військовими і проникнення туди сторонніх, а тим більше можливість пострілу повністю виключається. На користь його слів говорить той факт, що екіпажеві вдалося посадити машину — це було б неможливим у разі обстрілу.
Розглядається версія технічної несправності вертольота, зокрема самозапалення правого двигуна. Ця версія вважається малоймовірною, але залишається у розробці з огляду на неодноразовість інцидентів з вертольотами моделі Мі-26: 1995рік — аварія прикордонного вертольота на острові Більшовик, 1999 — падіння в Дагестані, 2001 — переліт з Ханкали в Моздок.
Найімовірнішою версією катастрофи залишається перевантаження вертольота. Кількість людей, що знаходилися на борту майже вдвічі перевищувала штатне навантаження машини. Саме перевантаження могло стати причиною відмови двигуна та його самозапалення. Однак представники прокуратури зазначають, що робити остаточні висновки ще зарано.
