Вводився також судовий захист підсудних через присяжних повірених (адвокатів). Ними ставали російськопіддані юристи у віці від 25 років, які не мали судимості та не перебували на державній i виборній оплачуваній службі. Ця категорія юристів, на відміну від інших чиновників, змогла об’єднатися як професійна група і добитися найбільшої автономії у своїй діяльності. Відмінялася також теорія формальних доказів та канцелярська таємниця, вводився обвинувальний процес.
Внаслідок використання європейської судової практики система судів, яку вводили судові статути від 20 листопада 1864 р., виглядала таким чином. Суди поділялися на дві категорії — з обраними та призначуваними суддями. Найнижчий суд очолювали мировий та почесний судді, яких обирало населення на три роки під час виборів органів земського і міського самоврядування. Чинність мирового судді поширювалася на округ, який складався із кількох дільниць у повіті або місті, а до його компетенції належали кримiнальнi та цивільні порушення, грошовий еквівалент яких становив розмір штрафу: від 300 до 500 руб. Дільничні та почесні мирові судді повіту збиралися на сесії, які отримали назву з’їздів мирових суддів і на яких розглядалися апеляції на рішення мирових суддів.
Наступну ланку представляв окружний суд у складі призначуваних урядом голови, його товариша і членів суду, який обслуговував декілька повітів однієї губернії. Судова палата була третьою інстанцією, яка замикала місцевий суд. Вона була апеляційним органом для окружного суду та першою інстанцією у розгляді таких важливих справ, як порушення правил видання або злочини, що їх вчинили чиновники при виконанні службових обов’язків.
Першою судовою палатою, заснованою в українських губерніях на основі судових статутів 1864 року, була Харківська (листопад 1867 р.), діяльність якої поширювалася на однойменну, Курську, Орловську і Воронізьку губернії. Її очолив барон Микола Єгорович Торнау (1812—1882), найбільш типовий чиновник тогочасної бюрократичної системи, виходець з остзейських губерній, лютеранського віросповідання, який не мав ні землі, ні кріпаків. Закінчивши Царськосельський ліцей, Торнау набував службового досвіду в центральних російських правових інституціях, внаслідок чого був переведений на службу до генерал-губернатора Ліфляндії, Естляндії та Курляндії, а пізніше прославився кодифікацією мусульманських законів. Цим, як і іншими призначеннями, уряд відпрацьовував технологію конструювання імперської еліти, здатної протидіяти старій практиці, коли суди очолювали місцеві дворяни, пов’язані між собою етнічно-корпоративною приналежністю.
Невдовзі — 30 червня 1868 р. — було засновано Одеську судову палату, яка обслуговувала Херсонську, Катеринославську, Таврійську, Подільську губернії та Бессарабську область. Як бачимо, судова сітка не збiгалася з адміністративною, і розмежування адміністративно-територіального та судово- територіального поділу також було однією з гарантій незалежності судової влади від виконавчої.
У правобережних українських губерніях, як і загалом в західних, судова реформа мала суттєві відмінності від інших губерній. Там мирові суди запроваджувалися окремо від загальних. Ця ідея була обґрунтована чиновником другого відділення Міністерства юстиції І. В. Капністом, сином письменника В. В. Капніста, який вивчав досвід мирових суддів і поліційних судів у Німеччині, Франції, Бельгії, Англії та США. Тож мирові судді в Правобережній Україні запроваджувалися з 1872 р., а судові палати — на другому етапі реформи, яка збiглася з судовою контрреформою. На перехiдному етапі створювалися об’єднані палати кримiнального і цивільного суду. Так, Київська з’єднана палата кримiнального та цивільного суду діяла впродовж 1871— 1880 рр. і з’ясовувала невирішені справи ліквідованих повітових судів та судових палат, а також займалася встановленням конкурсного управління у справах неспроможних боржників.
Київська судова палата, що відкривалася на основі судових статутів 1864 р. у складi однойменної, Волинської, Чернігівської та Могильовської губерній, засновувалась, найпізніше, — 29 червня 1880 р. Її головою був призначений дійсний статський радник І. І. Мечников, який раніше очолював Пензенський окружний суд та служив прокурором Харківської судової палати.
Попри всю незаперечну значимість судової реформи, її не варто ідеалізувати. Вона мала кілька слабких місць, серед яких найперше варто зазначити те, що вона поширювалася далеко не на всю імперію, а лише на ті її губернії, де вводилися органи місцевого самоврядування — земства та міські думи. Оскільки саме вони обирали мирових суддів та присяжних повірених. У губерніях, які не позбулися ознак тих держав, до складу яких вони раніше входили, або власних національних, судова реформа запроваджувалася поетапно зi значним відставанням від центру. До таких належали і губернії Правобережної України, де реформа почала поширюватися зi значним запізненням та з відмовою від виборного принципу, який було замінено урядовим призначенням на ті посади, які в інших губерніях обиралися населенням.
Компетенції та можливості судів як першої інстанції не раз змінювалися в бiк обмежень. Судовим палатам 1866 р. були передані з окружних судів справи про злочини та про порушення правил друку. 1872 р. справи про державні злочини були виведені з компетенції палат, і для їхнього розгляду засновувалося Особливе присутствіє сенату для розгляду справ про державні злочини та протизаконні організації. 1878 р. ця категорія справ знову була повернута для розгляду судовими палатами. Крім того, вони почали розглядати справи, які раніше входили до компетенції окружних судів: про спротив розпорядженням уряду та явне непідкорення владі, про образу і неповагу до державних установ і чиновників при виконанні ними службових обов’язків. У 1878 і 1879 рр. ці справи тимчасово передавалися на розгляд військових судів.
А в 1875 р. держава, втручаючись у справу організації адвокатури, відмовилася її засновувати в усіх інших місцях імперії, крім уже чинних рад присяжних повірених у Москві, Петербурзі та Харкові. Натомість уряд ввів категорію приватних повірених, до яких уже не висувалися вимоги освітнього цензу, що сприяло появі численної підпільної адвокатської практики. Іншою вадою судової влади було те, що вона не виробила юридичної процедури притягнення до відповідальності чиновників за порушення прав приватних осіб. Їхні судові справи й надалі перебували у віданні сенату, що продовжувало стару схему, згідно з якою будь-який бюрократ служив монархові, а не населенню. Ця негативна властивість судової системи пояснюється тим, що за зразок для адміністративної юстиції в імперії було взято континентальну систему трибуналів, згідно з якою судові функції виконувалися всередині самої адміністрації, а не англосаксонську систему, яка підсудність адміністрації передавала незалежним судам.
Неодноразові спроби підпорядкувати державну владу правовим нормам зустрічали спротив і Олександра III, і Миколи II. Внаслідок цього судовій владі до кінця існування Російської імперії не вдалося отримати повну незалежність від адміністративної влади, а тому вони постійно поміж собою конфліктували.