Власне, під частковою радянською окупацією ці держави перебували з осені 1939 року, коли Радянський Союз, після окупації Східної Польщі, включаючи Віленський коридор, змусив три балтійські держави під загрозою застосування сили укласти з ним договір про взаємодопомогу із зобов’язаннями розмістити на своїй території радянські військові бази. У Латвії та Естонії було розміщено по 25 000 радянських солдатів, а в Литві — 20 000. У кожну республіку було введено по одній стрілецькій дивізії і по одній танковій бригаді. Чисельність радянських військ у Латвії та Естонії була більшою за рахунок флотських контингентів, оскільки в цих країнах були створені військово-морські бази, тоді як у Литві вони були відсутні. За чисельністю ці контингенти приблизно дорівнювали арміям відповідних держав. Як своєрідну винагороду Литві було передано Вільнюс із прилеглою територією, але особливої радості набуття Литовською державою своєї давньої столиці у литовських політиків не викликало. Вони розуміли, як і їхні колеги в Латвії та Естонії, що дні незалежності їхніх країн — лічені. Текстів секретних протоколів до радянсько-німецьких договорів, які віддавали ці держави в «зону інтересів СРСР, тоді ще не знали, але мало хто сумнівався, що Сталін вважає країни Балтії своєю здобиччю і не збирається її упускати.
Однак зі скасуванням незалежності балтійських держав Сталін не квапився. Спочатку його відволікла війна з Фінляндією, яка, всупереч очікуванням, виявилася тривалою і неуспішною для Червоної Армії. Хоча Фінляндії вдалося змусити до миру і відібрати у неї частину території, фінська армія не була розбита, а радянські війська зазнали надмірно великих втрат, які більш ніж у 7 разів перевищували втрати супротивника. Потім Сталін планував ударити в спину Гітлеру, який збирався навесні 1940 року розпочати генеральний наступ проти Франції. Однак вермахт занадто швидко розгромив французьку армію, а британський експедиційний корпус відтіснив до Дюнкерка. В цих умовах Сталін не ризикнув напасти на Німеччину, побоюючись, що йому тепер доведеться зустрітися з основними силами німецької армії, а не з тими 10—12 дивізіями, які Гітлер залишив прикривати кордон з СРСР під час Французької кампанії.
4 червня 1940 року угруповання радянських військ під виглядом навчань почали висуватися до кордонів Литви, Латвії та Естонії. Не виключено, що ще деякий час Сталін розглядав можливість того, що у випадку, якщо Франція зможе ще якийсь час чинити опір наступу німців, то частина цих військ рушить у Східну Пруссію. Однак після того, як 10 червня Париж, полишений французьким урядом, було оголошено «відкритим містом», стало ясно, що до капітуляції Франції залишились лічені дні. Сталін вирішив, що треба захоплювати Прибалтику без зволікання. 14 червня, в день, коли німецькі війська вступили до Парижа, Литві був пред’явлений радянський ультиматум. 16 червня такий же ультиматум було вручено урядам Латвії та Естонії. Москва вимагала дозволити їй ввести на територію трьох держав Балтії значні за чисельністю радянські військові контингенти, по 9—12 дивізій. Від Вільнюса, Риги і Таллінна також вимагали сформувати нові прорадянські уряди з неодмінною участю комуністів, хоча в жодній із цих держав чисельність компартій, які перебували під забороною, не перевищувала 200 осіб. Приводом же до ультиматумів слугували начебто здійснені проти радянських військ провокації. Зокрема стверджувалося, що литовська поліція нібито викрала двох радянських танкістів, Шмовгонця і Носова. Насправді, як інформувало Москву радянське посольство в Литві, «червоноармієць-танкіст Носов 24 квітня втік із поста з гвинтівкою. 18 травня втік червоноармієць-танкіст Шмавгонець. Сподіваючись на свій розшук, командування задля сприяння до нас поки що не зверталось».
25 травня Молотов викликав литовського посланця і заявив йому, що радянському уряду «достовірно відомо, що зникнення цих військовослужбовців організовується деякими особами, які користуються заступництвом органів Литовського уряду, які споюють червоноармійців, вплутують їх у злочини і влаштовують потім їхню втечу або знищують їх (те, що червоноармійці цілком успішно споювалися самостійно, і не тільки в Литві, а у п’яному вигляді деколи скоювали злочини, В’ячеслав Михайлович говорити, звісно, не став. — Б. С.). Радянський уряд вважає подібну поведінку литовських органів провокаційною щодо СРСР, що загрожувала тяжкими наслідками. Радянський уряд пропонує Литовському уряду припинити ці провокаційні дії окремих агентів відомих органів Литовського уряду і вжити негайних заходів щодо розшуку зниклих радянських військовослужбовців і доставити їх у розташування командування радянських військ у Литві. Радянський уряд сподівається, що Литовський уряд піде назустріч його пропозиціям і не змусить його до інших заходів».
До того часу результат боїв у Франції ще не був до кінця зрозумілий, і Сталін не був упевнений, чи доведеться Червоній Армії вторгатися в Німеччину і Польщу, або найближчим часом треба буде в прискореному порядку окупувати Прибалтику. Тому ультиматум Литві і двом іншим балтійським державам поки що не пред’являвся. А те, що саме литовській стороні першій пред’явили обвинувачення у «провокаціях», було не випадково. У випадку, якби було вирішено спочатку воювати з Німеччиною, слід було отримати дозвіл на прохід через територію Литви великого угруповання радянських військ для удару по Східній Пруссії. А от якби радянський напад на Німеччину все-таки відбувся влітку 1940 року, «радянізацію» країн Балтії могли відкласти на більш пізній термін.
Але вже 27 травня ніби викрадені червоноармійці повернулися в свою частину і заявили, що їх добу тримали в підвалі, намагаючись отримати відомості про радянську танкову бригаду. При цьому Носов чомусь перетворився на Писарєва. Того ж дня до Каунаса прибув заступник наркома оборони СРСР, командарм 2-го рангу Олександр Локтіонов, який у ході протокольного візиту до міністра закордонних справ, як повідомляло радянське посольство, «побіжно познайомив Урбшиса з обставинами повернення червоноармійців Шмавгонця і Писарєва і прямо зазначив, що він здивований, що такі речі можуть траплятися в державі, яка пов’язана з Радянським Союзом традиційною дружбою та договором про взаємодопомогу. Урбшис розгубився, почав виправдовувати литовську владу і попросив для них дозволу допитати колишніх червоноармійців. Тов. Локтіонов відповів, що не в його компетенції обговорювати питання по суті і давати запитаний дозвіл».
Допитати червоноармійців литовцям так і не дали, а вже 30 травня надійшла заява НКЗС про те, що «наявні в розпорядженні НКЗС дані показують, що ці «зникнення» були організовані деякими особами, які користуються заступництвом органів Литовського уряду». Тому «Уряд СРСР вважає подібну поведінку литовських органів провокаційною щодо Радянського Союзу і такою, що загрожує тяжкими наслідками. Радянський уряд зажадав від Уряду Литви вживання негайних заходів щодо припинення цих провокаційних дій і щодо розшуку зниклих радянських військовослужбовців. Радянський уряд висловив надію, що Литовський уряд піде назустріч його пропозиціям і не змусить його до інших заходів».
Аналогічні «провокації» трохи пізніше були застосовані щодо Латвії та Естонії. 15 червня, напередодні ультиматуму, в районі 14-тої радянської прикордонної застави загін НКВС під командуванням лейтенанта держбезпеки Комісарова о другій годині ночі перейшов кордон із Латвією, розгромив і спалив латвійський пограничний кордон Масленки і, захопивши полонених, повернувся на радянську територію. На ділянці цієї ж застави другий загін НКВС під командуванням політрука Бейка також перейшов кордон, напав на латвійський кордон Бланти і, захопивши полонених, повернувся на радянську територію. Всього було вбито 3 латиські прикордонники і 2 цивільні особи. У полон потрапили 10 латиських прикордонників і 27 цивільних осіб. Пізніше всіх їх відпустили, крім селянина Дмитра Маслова, розстріляного 1942 року за обвинуваченням у шпигунстві. Ці напади і були видані за «провокації» з латиської сторони. Під час окупації балтійських держав використали усі засоби гібридної війни.
Чинити опір радянському нападу в той момент Литва, Латвія та Естонія не могли. Їхній головний союзник, Франція, була розгромлена і перебувала на порозі капітуляції. Британський експедиційний корпус поспішно евакуювався з Європейського континенту. Фінляндія ще не оговталася від втрат у «зимовій» війні. Німеччина ж відмовила в допомозі країнам Балтії ще восени 1939 року. Тільки у Литві президент Антанас Сметона зажадав від уряду прийняти ультиматум і чинити збройний опір, але, не маючи підтримки більшості кабінету, втік до Німеччини. Литва була єдиною з країн Балтії, яка мала кордон не тільки з СРСР, але ще і з Німеччиною. Сметона, звичайно, розумів, що литовський збройний опір приречений на поразку, але надавав йому важливого символічного значення як доказу готовності литовців протистояти агресії. Він не без підстав розраховував, що залишки литовської армії зможуть сховатися в Німеччині. Однак більшість литовської еліти, як і еліти двох країн Балтії, воліла капітулювати перед СРСР, сподіваючись нехай на формальне збереження незалежності, нехай у ролі радянського сателіта, на кшталт Монголії. Ці надії пішли прахом. Президенти Естонії і Латвії Костянтин Пятс і Карліс Ульманіс після анексії своїх країн були заарештовані. Ульманіс помер у радянській тюрмі в 1942 році, а Пятс — у психіатричній клініці в селищі Бурашево у Калінінської області в 1956 році.
В результаті радянські ультиматуми були прийняті. 15 червня радянські війська увійшли в Литву, а 17 червня — в Латвію й Естонію. Далі все пішло за єдиним сценарієм — формування прорадянських урядів, вибори до місцевих парламентів під контролем НКВД, із можливістю голосувати тільки за один комуністичний блок, який у всіх трьох країнах називався однаково — «Союз трудового народу», і з передбачуваним результатом. Потім слідувало синхронне прохання цих нових парламентів про прийом їхніх країн до СРСР, яке, зрозуміло, негайно задовольнили. Німеччина свою владу в протекторатах Богемія і Моравія, Данія і Норвегія і то акуратніше насаджували. Зрозуміло, ніякої волі народів Литви, Латвії та Естонії ці комедійні постановки не відображали, і за першої ж нагоди на початку 90-х років литовці, латиші та естонці поспішили звільнитися від радянської окупації, яка тривала півстоліття.
